Los religiosos modificaron el templo y convento franciscano que hoy todavía es apreciado como un referente de la arquitectura del barroco antigüeño. Se encuentra en la Calle de los Pasos. De acuerdo con Juan Alberto Sandoval, quien es un acucioso investigador sobre esta congregación y templo,  en 1696 aparecieron dos mecenas claves en la transformación del edificio, don Juan González Carvalo y Bartolomé de Garache.

El edificio tiene características particulares, como el hecho de que se eliminó la fachada de estuco que recubría sus paredes y se dejó solo la piedra de canto en el exterior. Fue obra del arquitecto Mayor Diego de Porres, quien dejó plasmada su firma en el dintel central: la mano y el compás. Hacia arriba, el símbolo franciscano, las dos manos cruzadas. Otro sello de Porres son las pilastras abalaustradas serlianas, en los costados de la fachada, también talladas en piedra.

La planta tiene el diseño de una cruz latina, propia de los templos franciscanos, y el convento es de doble piso, reconstruido en la década de 1960, explica el arquitecto restaurador José María Magaña. En la imaginería se hicieron importantes aportes, como las dos esculturas del patrono, San Felipe Neri y Jesús Nazareno. El primero fue tallado por el maestro Alonso de la Paz, pero sobre el Nazareno existen dudas de si fue una talla del mismo autor o del fraile franciscano Juan de San Buenaventura.